Здравствуйте, Олег.
Если в настоящий момент Вы только приступаете к работе в качестве врача-интерна, то Вам необходимо заключить договор на прохождение заочной части интернатуры в данном ЛПУ. По такому договору врач-интерн контрактной формы обучения выплачивает ЛПУ определённую сумму (за стажировку при заведующем соответствующим специальности отделении либо при враче высшей категории, к которому врача-интерна "прикрепили" по приказу). Обычно сумма ежемесячной выплаты равна окладу врача той специальности, по которой проходит интернатура.
Если же Вы уже окончили интернатуру и собираетесь приступить к работе в качестве врача-ординатора, то с Вами должен быть заключён трудовой договор на общих основаниях.