Здравствуйте, Han.
Ситуация сложная, однозначно, похожа на старую поговорку: "Спасение утопающего - дело рук самого утопающего". С одной стороны, если Вы обратитесь к руководству кафедры с претензией о недостаточном качестве обучения и к руководству ЛПУ по соответствующему вопросу, Вам могут не зачесть время прохождения интернатуры в связи с невыполнением индивидуального плана врача-интерна.
Думаю, выходить из сложившейся ситуации необходимо полюбовно, возможно, на уровне личных контактов между руководителями ЛПУ (места работы и того ЛПУ, где Вас готовы обучать). В свободное от работы время Вы имеете право посещать библиотеку и заниматься самообразованием.