Здравствуйте, макс.
Скажите, пожалуйста, эти здравпункты открыты и работают с соблюдением лицензионных условий, предъявляемых к медицинским учреждениям?
Если в лицензии на профилакторий открыты специальности, по которым будет работать здравпункт, то – да.
Аккредитацию возможно проходить как каждому здравпункту по отдельности (уровень аккредитации у них может быть разным), так и всё медицинское предприятие (тогда просуммируют полученные от каждого здравпункта данные и выведут среднюю – это и будет уровень аккредитации).
Относительно нюансов при оформлении документов и лицензирования: они зависят от того, что именно Вы хотите делать (какие услуги оказывать) в профилактории и здравпункте!