Здравствуйте, Оксана.
Время пребываия на больничном зачисляется во время отработки до увольнения. Поэтому переносить дни отработки никуда не надо.
Другое дело, что Ваш сотрудник может ещё не выйти на работу до дня своего увольнения (тот день, что указан в заявлении). Пока он пребывает на больничном, Вы не имеете права его уволить. Сможете уволить следующим после выхода на работу днём.
Кроме того, в течение двухнедельной отработки он может отозвать своё заявление и не уволиться! Если сотрудник Вам так не подходит, до момента его выхода на работу срочным образом найдите человека на его место. Можете даже его оформить до дня увольнения на стажировку. По КЗот только в случае, если у Вас будет конкретный человек на место, которое освобождается, Ваш сотрудник не сможет отозвать заявление.